Voor het formule 1 seizoen van 1999 werd Verstappen gecontracteerd bij het nieuwe team van Honda, dat in 2000 deel wilde nemen aan de F1. 

De testresultaten van de Honda waren uitermate bevredigend. Sommigen zijn er zelfs van overtuigd dat Honda kampioen had kunnen worden, maar door het onverwacht overlijden van de Technisch Directeur trok de fabrikant de stekker uit het project, waardoor een gouden kans voor de Nederlander verloren ging.

In 2000 zagen we Jos terug in de F1 bij het team van Arrows. Daar liet hij zien dat hij gegroeid was en met een snelle en aanvallende rijstijl was er altijd iets te beleven rondom de Nederlander. In 2001 begon Jos voor het eerst aan een tweede seizoen bij hetzelfde team.

Vlak voor aanvang van het seizoen 2002 werd Jos Verstappen door Arrows aan de kant gezet ondanks een getekend contract. De 'comeback kid' keerde nog eenmaal terug in de F1 in een veel te trage Minardi in 2003, maar na een troosteloos seizoen gaf Jos er de brui aan om zich volledig te focussen op de carrière van zijn zoon Max Verstappen.